V prosinci 1665 vstoupil do jezuitského řádu jako nevysvěcený bratr. V roce 1668 byl přeřazen do Casa Professa of San Fidele v Miláně, kde se jeho slavnostní dekorace na počest právě kanonizovaného Františka Borgii setkala všeobecným přijetím. Své umělecké vzdělání dále prohluboval v Janově a Benátkách. Jeho raná díla nesou znaky lombardské školy: bohaté barvy a grafiku šerosvitu. Když v Janově maloval Život Ježíšův pro Congregazione de' Mercanti, byl nepochybně inspirován Peterem Paulem Rubensem.

Výzdoba kostelů

Pozzova umělecká aktivita souvisela s masivní poptávkou nových řeholních řádů po umění, když právě v této době vyrůstala řada kostelů, které byly zdobeny malířskými díly, ať už v podobě obrazů či nástěnných maleb. Pozzo byl opakovaně zaměstnán jezuity nejen na výzdobě kostelů, ale také na jejich budování v Modeně, Bologni and Arezzu. V roce 1676 vyzdobil interiér kostela Sv. Fratiška Xaveria v Mondovì. V tomto kostele už můžeme najít pro jeho pozdější období tolik typické iluzionistické techniky: falešné pozlacení, sochy z bronzové barvy, mramorové sloupy, triumfální oblouky na ploše stropu, oživené ukazujícími postavami v architektonickém rámci. Byla to jeho první velká freska.

V Turíně v roce 1678 vymaloval Pozzo plochu jezuitského kostela SS. Martiri. Fresky se postupně poškozovaly vlivem pronikání vody. V roce 1844 tak byly nahrazeny novými malbami od Luigiho Vaccy. Z původních fresek přežily jen fragmenty.

Pozvání do Říma

V roce 1681 byl Pozzo povolán do Říma Giovannim Paolem Olivou, hlavním představeným Jezuitů. Vedle jiných Pozzo pracoval pro Livia Odescalchiho, vlivného synovce papeže Innocenta XI. Původně byl využit jako výtvarník scény pro biblické příběhy, ale jeho iluzionistické obrazy v perspektivě pro scénu mu brzy vybudovaly reputaci virtuózního umělce pro výzdobu stěn a stropů.

V Římě namaloval například fresky do jezuitského kostela Gesù nebo pro kostel Svatého Ignáce. To bývá označováno jako jeho mistrovské dílo, které vzniklo v letech 1685–1694 a je považováno za symbol vrcholného římského baroka. Pozzo tam navrhl vytvořit iluzionistický dóm, což bylo impozantní a kontroverzní zároveň. Někteří lidé se totiž báli, že plocha bude brzy tmavá, Pozzo na strop namaloval alegorii Apoteóza Sv. Ignáce v dech beroucí perspektivě. Malba byla vymyšlena tak, aby pozorovatele dívajícího se zdola doslova připoutala k podlaze hlavní chrámové lodi. Obraz oslavuje apoštolské cíle jezuitských misionářů ve snaze rozšířit katolictví na jiné kontinenty.

Poté, co své dílo vysvětlil písemně lichtenštejnskému princi a současně vyslanci rakouského císaře Leopolda I. u papežského dvorce, byl pozván tvořit do Vídně. Nejvýznamnějším dílem z té doby, které se dochovalo, je monumentální stropní freska Herkulova sálu v Lichtenštejnském zahradním paláci z roku 1707 s názvem Vstup Herkula na Olymp. Vyzdobil i jezuitský kostel a z vídeňského období přežily i některé deskové oltářní obrazy.